首先，《名录》第五条规定“同一排污单位在同一场所从事本名录中两个以上行业生产经营的，申请一张排污许可证”，如果存在两个或者两个以上的行业，其中某一个行业是重点管理，那么该排污单位排污许可证的管理类别为重点管理，各行业部分自行监测等管理要求按照各自行业的技术规范进行申报即可。
对于既要发证又要登记的排污单位，只需申请一张许可证，并在申请表中填写补充登记表。对于《名录（2019版）》发布前已核发的许可证，有效期内无需填写补充登记表，变更或延续时填写即可。
《关于印发<固定污染源排污登记工作指南（试行）>的通知》已经明确了排污单位登记内容，对登记管理排污单位不做台帐管理、自行监测和执行报告等要求。排污单位登记管理不是行政许可，《名录（2019年版）》对登记管理的范围做出了规定。
针对存在问题的排污单位，按照《通知》规定的分类处置情形分别处理，依据排污单位提供的整改方案和整改承诺，下达限期整改通知书（限期整改通知书格式要求另行规定）。排污单位的整改方案是下达限期整改通知书的前提条件。
第一种情形是：点击管理端“清理整顿”按钮，提示系统正在建设中，则需要管理员给需要权限的账号增加“清理整顿”角色。第二种情形是，已分配角色，但无法进入系统，则需要检查当地网络设置，能否连通以下IP地址：10.100.232.3:8080。
原证书有效，排污单位可以申请变更，但无需强制要求排污单位进行变更。
此类行业排污单位管理类别划分只看其是否在重点排污单位目录中，不考虑其是否满足重点排污单位筛选条件。
对于未纳入《名录》的其他行业，地方法规有规定的，依法办理省版排污许可证。
《名录》第七条六种情形只适用于第108类排污单位，对于1-107类行业的排污单位不需要考虑以上六种情形。
排污单位应当承担环境保护主体责任，主动对照《名录》判别自身属于哪一种管理类别，是否符合《名录》第七条六类情形；生态环境主管部门可以通过对排污单位排查、日常环境监管、环境税征收等监管过程，提醒排污单位依法申领重点管理排污许可证，具体按照《排污许可证申请与核发技术规范 总则》申请填报。